Initialement identifié comme étant issu d’une selection de Typica, l’empreinte génétique des marqueurs moléculaires ont révélés que le Java est en fait une sélection d’une variété éthiopienne locale appelée Abysinia. En 1928, PJS Cramer, le célèbre botaniste néerlandais, a apporté une sélection de variétés d'Arabica d'Éthiopie sur l'île de Java. De Java, cette plante a d'abord été amenée dans les îles voisines (Timor) et plus tard en Afrique de l'Est (Cameroun), où elle a été mise en culture en 1980. Elle a depuis été introduite en Amérique centrale par le Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad).
Au Nicaragua, Java ferait référence à la variété JavaNica très recherchée pour son profil de coupe floral et complexe. Bien que les origines de JavaNica ne soient pas tout à fait claires, on pense qu'il est un cultivar du Typica en raison de sa forme de haricot allongé. Les graines et les baies de Java sont oblongues. Les jeunes feuilles sont bronzées et les arbres sont connus pour être très productifs. Il est connu pour être vigoureux avec un rendement modéré et montre une bonne résistance à la maladie du caféier. Subséquemment, le Java a été reconnu pour un très fort potentiel de qualité en altitude. Le premier pays d’Amérique centrale ayant officiellement reconnu le Java a été le Panama en 2016. Cette variété représente une alternative intéressante au Geisha, avec une tasse de haute qualité mais plus résiliente et offrant une meilleure tolérance à la rouille et au CBD, pour les petits producteurs.